信息安全管理體系文件編制完成以后，組織應按照文件的控制要求進行審核與批準，并發布實施，至此，信息安全管理體系將進入運行階段。體系運行初期一般稱為試運行期或磨合期，在此期間體系運行的目的是要在實踐中檢驗體系的充分性、適用性和有效性。在體系運行初期，組織應加強運作力度，通過實施其手冊、程序和各種作業指導性文件等一系列體系文件，充分發揮體系本身的各項功能，及時發現體系策劃本身存在的問題，找出問題根源，采取糾正措施，糾正各種不符合，并按照更改控制程序要求對體系予以更改，以達到進一步完善信息安全管理體系的目的。
有針對性地宣貫信息安全管理體系文件。
體系文件的培訓工作是體系運行的首要任務，培訓工作的質量直接影響體系運行的結果。組織應根據培訓工作計劃的安排并按照培訓程序的要求對全體員工實施培訓。通過培訓使全體員工認識到新建立或完善的信息安全管理體系是對過去信息安全管理體系的變革，是為了向國際先進的信息安全管理標準接軌，要適應這種變革和新管理體系的運行，就必須認真學習、貫徹信息安全管理體系文件。
實踐是檢驗真理的唯一標準。
體系文件通過試運行必然會出現一些問題，全體員工應將實踐中出現的問題和改進意見如實反饋給有關部門，以便采取糾正措施。
將體系試運行中暴露出的問題，如體系設計不周、項目不全等進行協調、改進。
信息安全管理體系的運行涉及組織體系范圍的各個部門，在運行過程中，各項活動往往不可避免的發生偏離標準的現象，因此，組織應按照嚴密、協調、高效、精簡、統一的原則，建立信息反饋與信息安全協調機制對異常信息反饋和處理，對出現的問題加以改進，并保證體系的持續正常運行。
加強有關體系運行信息的管理，不僅是信息安全管理體系試運行本身的需要，也是保證試運行成功的關鍵。
所有與信息安全管理體系活動有關的人員都應按體系文件要求，做好信息安全的信息收集、分析、傳遞、反饋、處理和歸檔等工作。
信息安全體系文件屬于組織的信息資產，包含有關組織的全部安全管理等敏感信息，組織應按照信息分類的原則對其進行分類、進行密級標注并實行嚴格的安全控制，未經授權不得隨意復制或借閱。